何をいまさら、と思われる人も多いかもしれませんが、正確に違いを説明できる人は意外と少ないものです。
まず、見た目上の違いですが、車の外から見ただけでAT車かMT車か把握することはできません。
運転席の足元を覗いたときにシフトとクラッチが確認できればMT車となります。
MT車はAT車に比べて運転中の動作が多く、どうしてもミスは起きやすくなります。
覚えることも多く、免許を取得する際もAT車よりも日数がかかってしまうでしょう。
現在に於いては、MT車だからといって燃費が良いわけでもなく、加速もＡＴの方が速い車がほとんどです。MT車だけにある点といえば煩雑さくらいのものです。
日本国内での販売台数がここ数年では遥かにAT車のほうが上回っていることからも、AT車の使い勝手の良さは裏付けられています。
と、ここで一つの疑問にあたります。AT車がもてはやされている昨今、なぜMT車の運転免許は廃止されることなく未だに存在し続けているのでしょうか？
カーマニアにとっては、MT車の煩雑さにこそ魅力があると考える人も多いのです。

AT車は使い勝手がよく、日常生活の交通手段として用いるには非常に価値が高いと言えるでしょう。
MT車の価値は、その点では劣っていると言わざるをえません。かつてはＡＴの性能が限られていて、
「速く走らせるにはＭＴ車」ということも言えましたが、現在のＡＴは進化しており速さの面でも
ＭＴ車より優れています。
しかし、MT車は自分で音を操るような爽快さがあります。シフト操作を機械任せにするのではなく、自分の手で車を操る快感はAT車にはありません。
また、現在ビンテージ車として価値の上がっている世代の車に於いては、ＡＴ車よりもＭＴ車の走行性能が勝っている場合がほとんどです。
さらに、日本での流通量はAT車のほうが多いですから、MT車の希少性は増しています。
当然売却する時も、カーマニアにとって需要の高いMT車のほうが高価買取の可能性は高まります。

■高年式モデル

ＡＴしか設定の無いモデルは別にして、現行モデルに近く（年式が新しければ新しいほど）新車価格が高い車ほど、ＡＴ車の方が買い取り額は高くなります。高年式モデルは、希少性よりも装備面や購入ユーザーのニーズで価値が変わるため、ＡＴ車の買取額が安定して高額になる傾向があります。
限定でＭＴを設定していたり、アメ車スポーツカーを始め新車から短期間での値落ちが比較的大き目な車は、ＭＴ車の買取額が高い場合もあります。
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■旧モデル

スポーツカーを始め、ＭＴ車の価値が高くなる傾向があります。この場合、新車価格においてＡＴが高いかＭＴが高いかは関係ない場合がほとんどです。この傾向は旧車になればなるほど顕著で、またグレードの良し悪し以上にＭＴであることで高価買取が可能になる場合もあります。
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